Através do Ministério da Integração Nacional e o Plano de Recursos Hídricos da Bacia do Rio São Francisco, desde 2013 estão sendo traçadas as linhas de ações de recuperação das nascentes e afluentes, recomposição da mata ciliar e programas de saneamento básico para os 507 municípios que fazem parte da área de influência do Velho Chico.
 
Segundo o Comitê da Bacia Hidrográfica do Rio São Francisco (CBHRSF), de cada centavo dos recursos previstos para as obras de transposição, hoje estimada em R$ 9 bilhões, e que poderá chegar, ao final de 2018 a R$ 16 bilhões, o equivalente deveria estar sendo destinada às obras de revitalização da bacia. Os membros do comitê alegam que a revitalização nunca saiu do papel e que as verbas repassadas pelo governo federal para o projeto foram usadas para outros fins.
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A degradação ambiental atinge todos os municípios do Norte de Minas Gerais, onde nasce o rio, até a sua foz, entre os estados de Sergipe e Alagoas. Além dos resultados provocados pela seca, a degradação tem ameaçado as principais nascentes e feito desaparecer leitos de rios importantes, como o Parnamirim, na Bahia, Pajeú, em Pernambuco, e diminuído vazões como as dos rios Grande, Carinhanha e Corrente, únicos afluentes do São Francisco permanentes que ainda existem na Bahia.
Por falta de chuvas, a expectativa é de que até o fim de 2016 o nível do reservatório de Sobradinho esteja com apenas 10% de sua capacidade total. Atualmente ele está em 26,99%.
 
O presidente do Comitê, Anivaldo Miranda, disse que a situação é muito preocupante. “Vivemos a seca mais prolongada da história e nada indica que ela vá arrefecer até 2017. O desafio ambiental é de todos”, disse. Como medidas, o comitê listou na prioridade a revisão do Projeto Hídrico da Bacia, que deverá ser concluído em agosto deste ano.
 
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Questionada sobre o destino da verba da revitalização para a construção de estradas, a Codevasf (Companhia de Desenvolvimento do Vale do São Francisco) alegou que a adequação das estradas ecológicas faz parte do programa de revitalização, porque evita que haja erosão nos rios.
 
A Codevasf diz que, desde 2007, o governo federal já gastou aproximadamente R$2 bilhões no projeto, em obras de revegetação, cercamento e recuperação de nascentes, matas ciliares, topos de morro e de reserva legal, além de readequação de estradas, contenção, estabilização de encostas e em 139 sistemas de esgoto sanitário.
 
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O comitê espera se reunir com o novo ministro do Meio Ambiente, Sarney Filho, para discutir o problema e eleger prioridades para as verbas destinadas à revitalização.
 
O Rio São Francisco responde por 70% do abastecimento de energia elétrica da Região Nordeste, graças ao complexo de reservatórios das barragens de Três Marias (MG), Sobradinho (BA) e Xingó (SE/AL), além do complexo hidrelétrico de Paulo Afonso, formado pelas barragens de Paulo Afonso I, II, III e IV, Luiz Gonzaga (Moxotó) e Itaparica.